La chirurgia endodontica rappresenta l’intervento di elezione quando non è possibile curare un dente con una lesione apicale (vedi: granuloma, cisti ) mediante una normale cura canalare o devitalizzazione attraverso un accesso coronale, specialmente quando il ricorrere di fenomeni ascessuali diventa frequente e doloroso per il paziente oppure quando l’intervento di devitalizzazione, sebbene ben eseguito non ha portato alla guarigione della lesione apicale.
Queste lesioni apicali inoltre, possono essere l’esito di trattamenti canalari o devitalizzazioni incompleti in cui l’operatore non ha potuto trattare la radice in modo soddisfacente a causa di limitazioni anatomiche o per riassorbimento di materiali usati o perché il canale risulta bloccato da corpi estranei (es: strumenti fratturati, materiali impossibili da rimuovere).